Synagoga byla vystavěna ve 2. nebo 3. desetiletí 16. století, první písemná zmínka je z roku 1540. Synagoga vznikala zároveň s hradbami, byla přistavěna jako poslední dům v Pernštýnské ulici. Je tak pravděpodobně nejstarší synagogou na Moravě, po Staronové synagoze v Praze druhou nejstarší v České republice. Hlavní sál je zaklenut gotickou síťovou klenbou s cihlovými žebry. Klenba má mimořádnou historickou hodnotu, je vystavěna ve stylu pozdní tzv. vladislavské gotiky. Počátkem 17. století byla synagoga rozšířena, přistavěna byla například ženská galerie s renesanční křížovou klenbou. Tloušťka zdi budovy na severní straně je úctyhodných 170 cm. Synagoga v Lipníku byla mnohokrát přestavována, k rozsáhlým úpravám došlo v 70. letech 19. století. Na začátku okupace byla nacisty vypleněna a poškozena, a poté sloužila jako sklad. V letech 1948 - 50 byla přestavěna na modlitebnu čs. církve husitské – tato adaptace podstatně setřela původní výraz památky, byly zrušeny vstupy z východní strany a přesunuty na severní a jižní stěny. Oproti Pernštýnské ulici je úroveň podlahy sálu níže, což odpovídá středověkým požadavkům pro stavbu synagog. Dnes slouží jako modlitebna Církve československé husitské. K dnešnímu interiéru modlitebny patří sochy Jana Husa, Ježíše a Mojžíše v nadživotní velikosti, dílo moravského výtvarníka Navrátila z Velkého Újezdu. Památka je přístupná od 1. května do 30. září pouze s průvodcem.