Významnou kapitolou v dějinách města je existence židovské komunity. Tu dodnes připomíná synagoga, snad nejstarší stavba tohoto druhu v České republice. Pravděpodobně vznikla již v 15. století. V upravené podobě dnes slouží jako kostel církve československé husitské.
Další připomínkou této kultury v Kojetíně je židovský hřbitov, kde se pohřbívalo až do počátku 40. let 20. století.
Smutný konec židů dnes připomíná pamětní deska na budově synagogy, která uvádí všechny oběti holocaustu.

V upravené podobě dnes slouží jako kostel církve československé husitské